De todos mis Android, justo este es el único que no tengo rooteado y solo puedo especular.
Veamos, si haces un wipe y te restaura la instalación de fábrica, no debería instalarte mas que las aplicaciones oficiales, no las que no estén en dicha instalación... Siempre y cuando solo intentaras el root y no poner otra rom. De hecho, cuando actualizas el sistema operativo lo normal es perder el root en la mayoría de los casos (depende de dispositivos y métodos empleados pero es lo más común).
En todo caso quizá te sirva de más ayuda los hilos de la sección de roms como este:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=245879
La opción de intentar rootearlo correctamente para luego desrootearlo también funcionaría y ahí creo que hay más datos.
También supongo posible hacer una reinstalación de la stock rom oficial.