Si lo haces con el 7zip, no tienes problemas. Yo he cogido el zip de mhackes y con el 7zip he sustituido el systemui, el framework-res y el tipo de fuente y no he tenido ningún problema. A la hora de añadir apps, la ruta donde vienen las que trae la ROM es: system/app. Ahí puedes quitar la que no te interese antes de flashear. A la hora de meter app, puedes meterla en esa misma ruta, aunque en mi móvil, alguna app qué mero en esa ruta, luego no estaban.
Con el Tapatalk