Yo, con CM 13, SuperSU y Xposed, tras quitar el root con el mismo SuperSU y desinstalar la aplicación Xposed, no era compatible. Me imagino que con ello no deshice todas las modificaciones de sistema.
Por lo que me comentas, si instalamos la ROM sobre una imagen de fábrica sin root, ni Xposed, como es mi caso, no debería haber problema si dejamos desactivadas las opciones de Acceso Root.
