El MD5 es una forma de comprobar que el archivo que te as descargado no esta corrupto, comparas el MD5 del archivo que te as descargado con el MD5 que pone que tendrķa que ser, si coinciden es que el archivo no esta corrupto y puedes seguir, si no coinciden te lo descargas de nuevo porque esta corrupto.
No se si me he explicado muy bien, si no lo entiendes te lo intento explicar mejor.
Un saludo.