Que te pone en el LOG ¿ no lo estarás usando en Windows XP¿ recuerda que solo funciona en W7 W8
Otra cosa, esta GUI esta de desactualizada, en cuanto pueda la reviso con el nuevo codigo para errores.
El problema con apktools (y en general con todas las aplicaciones dedicadas a la cocina en windows) es que cuando tienen un error no se lo dicen a la consola, y claro, el proceso sigue adekante aunque no este bien....
El comando tradicional para detectar errores es:
if errorlevel 1 goto error
Pero esto no funciona, la única manera (que se me a ocurrido) es leer el log en busca de palabras clave.
Me supongo que no entenderás nada, no importa, tu pega aquí el LOG para que veamos que a pasado, en cuanto pueda lanzaré una actualización.