Buenas,
Yo creo que el tema de que salgan apps antiguas y tal, tiene que ver con el script que usa Cyanogen para guardar las aplicaciones de google en la instalacion.
Si quereis, podeis usar el zip que os dejo mas abajo para, antes de instalar la cyanogen, formatear toda la particion de sistema, y asi empezar la instalacion limpia completamente.
Vamos, que serķa como hacer un wipe de /system
El zip es el siguiente:
http://www.wuala.com/blerfont/ROMs/format_system.zip
Un saludo!