Es indiferente, es decir , el .zip lo puedes poner en la micro sd o en la nand, una vez en el recovery que viene por defecto le das a install zip from sdcard (micro_sd) o install zip from nand (memoria interna) , según proceda.
Si te referías en donde guarda los backups el clockworkmod , por defecto van a la memoria interna del tablet, pero es seleccionable en el menú, es decir, si quieres hacer el backup a la sd externa , lo hace.
Cuando pueda crearé un minitutorial
