Oficialmente se recomienda realizar una copia de seguridad de todos los archivos, por mi parte lo tengo todo en mi cuenta google. Una vez realizadas todas las actualizaciones del terminal, algunas de ellas no son más que bloatware de Asus pero hay que hacerlas, realicé la actualización a Marshmallow como se indica más arriba, y al reiniciarse automáticamente, el terminal comenzó a cargar todas las aplicaciones, y ni tan siquiera necesité reconfigurar nada. Pero se aconseja realizar un respaldo, o configurar tu cuenta google para que al activarla se traiga aplicaciones y contactos, etc. De todos modos ten el teléfono cargado a tope y si te da algún error, o se inicia en modo recovery, no realices ningún Wipe, ni Hard Reset, en ese caso lo perderías todo, solo Reboot y listo, comprobar las actualizaciones, esto sucede porque el terminal no está totalmente actualizado, y reiniciar continuando con el proceso de carga.
Un Saludo.