las nuevas versiones del mkvmerge tienen problemas en el remuxeo ya que corronpen la cabecera del archivo y no se ven las pelis en los reproductores hd (estan buscando la solucion)...
Te aconsejo que busques una version antigua y seguramente ya verás las pelis....
Por otra parte, como bien dice Sgonaz, el formato mini720p mkv es el ideal... se ven excelentemente y entran perfectamente en fat32 ya que no suelen superar los 4 gbs....
Saludos...