Como te dice el compi, mira a ver que tengas la version 0.9.1.0
Puede que ya lo hayas hecho, pero yo la ejecuto desde el EXE que pone Flashtool64, con el botón derecho, ejecutar como administrador, y ahí ya, al rayo, flashmode, y al seleccionarlo me salen a la derecha los wipes y los exclude.