Joder que complicación.
El caso es que da error con la firma respecto a la firma que está almacenada (de la apk previa) en el sistema para Phone.apk así que la ignora.
Pero lo que me extraña es que nos carguemos "la firma" . si ese nuevo Phone.apk tuviera una firma distinta al que había previamente instalado fallaría antes de aplicar el tema, solo con actualizar, así que la firma de primeras es la misma y es algo que modifica el zip ¿la recompresión máxima?
Prueba con esta plantilla:
http://www.multiupload.com/F4QONZWXXA (resubido)
He quitado la recompresión de la apk a ver si van por ahí los tiros