Ejemplo si tuviera los ficheros en la carpeta phone de la memoria interna del teléfono:
adb shell
su
cp /sdcard/phone/Phone.apk /system/app
cp /sdcard/phone/Phone_Util.apk /system/app
cp /sdcard/phone/libaudio.so /system/lib
cp /sdcard/phone/libaudioflinger.so /system/lib
cp /sdcard/phone/libaudiopolicy.so /system/lib
Espero no haberme equivocado al escribirlo.