Aunque hayas puesto el recovery incorrecto no deberia afectar pues mientras esta funcionando la rom el recovery no esta corriendo, solo funciona cuando arrancas con HOME+RED. Probablemente sea un problema de la rom que has puesto o no haber hecho todos los wipes.
De todas formas si quieres asegurarte mira que tipo de HTC Magic tienes arrancando con BACK+RED, si es española seguramente sera una 32B y deberias haber escogido el Sapphire (ION/MyTouch).