¿por que no pruebas a instalarte un editor de particiones en el ordenador y a partir de ahi, con un lector de tarjetas, volver a dejar la SD con una sola partición?
Hay muchos editores de particiones, tienes el Partition Magic (hay una edición portable gratuita en internet), o si tienes linux, trae de serie el Gparted que está muy bien.
Enlace al partition magic:
http://descargaslink.superforo.net/t...panol-portable
Si no sabes usarlo mejor mirate antes tutoriales, buscando en google hay varios.