Hola arrobador:
He hecho hoy mismo las pruebas de hacer un hard-reset o FACTORY RESET, por seguir un poco con la nomenclatura del HBOOT.
Una vez la tienes con el S-OFF y si has instalado el 'ClockworkMod Recovery' he arrancado el HBOOT y he entrado en 'FACTORY RESET'. Esto ejecuta el 'ClockworkMod Recovery', en la cual tienes un montón de opciones, desde instalar paquetes .zip, hacer 'backups' y 'restores' y la opción de dejarla de fábrica, según te la entregaron, la cual es la opción 'wipe data/factory reset'.
Lo he probado y funciona a la perfección, sin borrarte ni el S-OFF, ni el programa ClockworkMod ni el Rooteo.
NOTA: La primera vez que lo hice no podía volver a acceder al HBOOT, pero era porque había que irse a Ajustes -> Energía y deshabilitar el Reinicio Rápido, así que nadie se asuste.
Saludos.