Te estas liando compi....
El directorio raiz de la sd, tal como te indica como dices el manual es: /sdcard asi de sencillo. Es decir lo que tu ves como carpeta /sdcard, es realmente la tarjeta, no una carpeta dentro de la sdcard ni nada por el estilo. Lo que tienes antes de /sdcard... como por ejemplo /system o /data son carpetas que estan dentro de la memoria interna. Pero la /sdcard es una carpeta que esta dentro de la memoria interna PERO REALMENTE ES LA TARJETA SD QUE TIENES PUESTA.
Por lo tanto, todo lo tienes que meter dentro de esa carpeta /SDCARD.
Por otro lado cuando lo enchufas al pc, en modo almacenamiento, lo que te aparece, es el contenido de la tarjeta sd, de hecho desde el pc, si te das cuenta no puedes ver el resto de carpetas.
Espero que ahora este mas claro.