Vamos por partes una flashear firmware de Sony y otra rootear.
Flashear stock firmware de Sony, archivo con extensión .ftf :
Segun te comenta @
anuvviss para instalar Nougat no te hace falta rootear y no pierdes funcionalidades ni garantia, pero si aplicas wipes si perderas tus cosas
de la memoria interna del movil y configuración.
Usa siempre la ultima versión de Flashtool. A partir de version 0.9.23.0 es compatible con Nougat.
Rootear
para rootear el movil primero tienes que desbloquear el bootloader (gestor de arranque) y con esta acción pierdes las DRM Keys y con ellas alguna funcionalidad.
Por lo tanto es importante realizar antes del desbloqueo una copia de la particion TA.
Sobre estos temas tienes informacion en el apartado de Roms y desarrollo Sony Xperia Z5.
Saludos