Vamos por partes.
El problema es que seguramente tenias la radio y hboot nuevos que se instalan con froyo (2.2.1) y las cyanogen MOD no llegaron a incorporar los cambios para aceptar el hack de los 15mb extras de RAM que da esa actualizacion.
Tan solo tenias que buscar un kernel compatible con el hack e instalar la ROM y sin salir del recovery instalar el kernel (como la ROM ya la tenias valia con instalar solo el kernel).
La SD con los wipes no se borra nada.
El nadroid backup de amon RA y de CMW efectivamente son incompatibles ya que cada uno lo hace de forma distinta utilizando su propio metodo y es mas fiable hacerlo siempre desde el recovery y con mas del 40% de carga de bateria de lo contraio no funciona el restore. Sobre todo por el tema de la carga, lo de hacerl opor recovery es por que es mas fiable y da menos errores el backup.
No ibas por mal camino, solo te falto el tema del kernel ya que tenias todo echo, si aun te interesa te recomiendo lo intentes de nuevo no es que haga milagros en este veterano terminal pero si que mejorar el rendimiento las custom ROM´s.