Eso no significa que desaparezcan, simplemente muestra los no leídos, y si ya has pasado por todos, o previamente todos fueron marcados mediante la opción "Marcar todo como leído" pues no aparecerán
Cuando ese hilo en el que en su momento el usuario posteó vuelva a tener un nuevo comentario, aparecerá de nuevo en esa pestaña de la aplicación.