Bueno, el clockworkmod no es una aplicación sino un recovery (
http://www.htcmania.com/mediawiki/index.php/Recovery). El ser root nada tiene que ver con tener wifi; la wifi viene de serie... Dejando eso al margen, no sé si hay otro modo de que te desaparezca el recovery clockworkmod pero lo que puedes hacer es flashear la rom original 3.1 de Acer. De ese modo volverás al recovery original.
Espero te funcione.
MacGuffin.