Es importante crear la partición Fat32 en primer lugar, es decir, que esa partición quede en el lado izquierdo de la barra que muestra el minitool partition (vean imagen del paso número 6 ).
Si en ese lugar creamos la ext# el pc y el móvil no reconocerá la SD, porque el formato principal no es admitido.
Otra cosa, si creáis una partición en ext3 por ejemplo, y al seleccionar esa misma en Link2sd dice que no está soportada, NO borréis la partición, primero cerrar Link2sd, volver a abrir y probar las demás, hasta que ponga que el script de montaje ha sido creado y que tienes que reiniciar el móvil.
Lo digo porque mi partición la tengo en ext3, pero al seleccionar ext3 en link2sd me dice que no es válida, pero si selecciono ext2 (aunque mi partición está en ext3) me monta perfectamente la partición.
Desde el menú de link2sd también se puede configurar para que enlace automáticamente las aplicaciones, dalvik y librerías, y así no lo tenéis que hacer manualmente.
Gracias por la aportación Kratos !!!