Yo lo comprobé, desinstalé la app y al reiniciar lo tenía bien como si nunca las hubiera cambiado.
Puede que le dieras a la opción que pone init.d, no hay que darle ahí.
Pues esa opción te tiene que salir, algo haces mal, sigue el tuto al pie de la letra y pon bien las rutas dependiendo si tienes jb o ics.
