Hola compañeros, yo tampoco sé mucho del tema pero si abres el zip de la rom y quitas de /system/app las que no quieras, metes las que quieras (arrastrándolas dentro) y vuelves a cerrar el zip en teoría debería funcionar.
Yo lo hice así en la Némesis, quité las app galeria, música y no recuerdo cual más y puse cerberus, torch y alguna otra. Y digo en teoría porqué también intenté meter el Quickpick y me dió error. También se puede borrar alguna aplicación a mano después de instalada la rom.
Para hacer pruebas se puede usar un recovery amplio, aprovechar para trastear y ver qué funciona y qué no, ver cuanto ocupa /system, y luego usar un recovery 5 ó 10 MB mayor.
Saludos!!