El problema es que había cambiado de tarjeta, use Gparted desde Ubuntu para copiar las particiones de una a otra (
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=182256) y por alguna razón, aunque la fat era físicamente la primera, el sistema le había asignado la primera posición a la swap (la fat era sdh3 en vez de sdh1). He vuelto a hacer el proceso empezando por la fat y se ha solucionado.
Saludos!!