Descargate un cd live de ubuntu. Lo grabas y lo dejas en el lector. Reinicia el ordenador, arrancara desde el cd. Se te abrira ubuntu sin necesidad de instalarlo para que lo pruebes. No es necesario que lo instales. Conecta el usb. Busca entre las apps de ubuntu una llamada gparted y la abres. Ahi te saldra o seleccionas el pendrive. Te saldran las 2 particiones. En algun lado o pinchando con el boton derecho estara la opcion de eliminar tabla de particiones(o similar), la eliminas. Creas una nueva tabla de particiones, creas una unica particion en fat32 y ya lo tendras todo listo.
Un saludo.
Enviado desde mi GT-I9100