Hace un rato estuve yo probando eso mismo
Tengo puesto en el telefono para que solo me salga los contactos del telefono y por lo tanto en el whatsapp me coge esos contactos, pero le di en el telefono para que lea tambien los de la SIM y en el whatsapp tambien me salian contactos nuevos y luego en el telefono volvi a quitar los contactos de la SIM y me vuelve a salir los de siempre, por lo tanto el whatsapp lee los mismo contactos que tengas en la configuracion de la agenda.
Si lo tienes puesto para que en la agenda del movil solo salga los contactos del movil esos te saldran en el whatsapp y si tienes puesto para que lea los dos o solo de la SIM pues te leera eso.
Pasar un contacto a vuestra SIM y borrarlo de la agenda del telefono y hacer la prueba.