No he leido lo del flasheo, pero por lo menos en el hero el orden era:
1º Root, para poder instalarle un custom recovery
2º Flashear la rom, ya sea al original de motorola, u otra no oficial
3º Hacer lo que te de la gana ya
El overclocking lo puedes hacer cuando quieras, siempre y cuando seas root. Pero es boberia hacerlo antes de flashear, porke luego la configuracion del programa que uses para hacer OC se borra.