A mi me pasa algo parecido. Cuando va por el 96% o así, baja de repente al 92% o 93%, y tras un rato cargándose, pasa directamente al 100%; sin embargo, al cargarlo apagado, lo hace correctamente.
También he de decir que aparentemente, la batería va bien y se descarga de manera correcta, sin picos. No sé qué puede ser...