Tengo el mismo equipo y me pasaba lo mismo, te cuento borre los contactos de la agenda y de la sim, (quería tener un poco mas ordenados los contactos y borrar los duplicados y los que ya no uso) pero en WhatsApp aun me aparecían los contactos con nombre, buscaba y buscaba y no los encontraba, la solución fácil y sencilla, ve a WhatsApp y mete a un contacto que quieras borrar, con la tecla menú accede a "ver contacto" y después con la misma tecla menú "ver en lista de contactos" de nuevo menú y "eliminar" , en mi caso tuve que eliminar el mismo contacto hasta 3 veces aun no se por que paso eso y cada vez que borres 3 contactos actualiza tu lista ya que a veces tardan en eliminarse o almenos en mi caso eso me pasa.
espero les sea de ayuda esto, saludos