Muy buenas,
pues sé bienvenido al lado oscuro
El tema de que te salte la carga de vez en cuando efectivamente suele ser del puerto USB del teléfono. Límpialo bien con un cepillo de dientes (pero con suavidad) y limpia también los pines de conexión de la batería. Hay gente que dice de hacerlo con alcohol o colonia... Hay un líquido específico para eso, pero si no quieres comprarlo nunca lo hagas con colonia (pq deja restos). En todo caso de ser necesario hazlo con alcohol, dejando fuera la batería y esperando una horita a que se evapore.
Además creo que el problema que has tenido con las aplicaciones deriva de eso mismo.
Por otro lado comenta si has podido restaurar correctamente el backup que hiciste con esta app (espero que sí), pero ya te digo que no ha tenido nada que ver (vamos, sería una carambola rarísima).
Espero que lo soluciones pronto