El proceso en principio no tiene excesivo peligro... siempre que se actúen con precaución. Si el teléfono quedara inservible, supongo que quitando la batería y arrancando en download mode, se podría volver a flashear otra vez, haciendo un wipe total, y no habría problema. Pero claro, todo ésto es una SUPOSICIÓN. Recomiendo no desinstalar nada que no sepamos seguro a qué aplicación pertenece.
Supongo que no te acordarás del nombre de los archivos .apk que has desinstalado. Así actualizaríamos el post principal...