esta opción es para apps + datos solamente aunque mirando la opción ahora mismo puedes escoger cuales apps del sistema que hallas hecho backcup anteriormente para poder usar en el zip.
Puedes hacer backup de tus apps de sistema de forma manual para evitar conflictos mas adelante al restaurar y te recomendaría restaurar una a una para evitar algun conflicto o incompatibilidad del sistema.
Esta opción es para el recovery luego de flashear rom