Dos cosas que te pueden servir...Hacer un FULL WIPE como se indica al instalar esta ROM es MUCHO mas de lo que haces:
1.- wipe data/factory reset
2.- format /system
3.- format /boot
Yo instalé esta ROM como tu haces, sólo con el paso 1.- y NO me ha funcionado. Luego repetí los pasos y volví a pasar el paso 1.- y el paso 2.- y esta segunda vez SI ha funcionado sin problemas
Lo de que "no encuentra los .APK" es nuevo para la 4.0.4. Las apps ya no están SOLO en /system/app...revisa el directorio /system/vendor y las encontrarás "escondidas" ;) Utiliza el Rootexplorer o similar y a borrar morralla
...(O espera a una actualización del Titanium)