Hola.
Para el que le pueda servir:
Se puede hacer Backup y Restore de los ficheros del sistema con la App EFS Professional.
En un principio, me daba error al intentar crear el fichero comprimido con el Backup (el error lo daba al final del proceso, al intentar crear el .tar).
Lo solucioné cambiando el busybox que tenía instalado.
El error lo daba con el Busybox Instaler (tenía instalada la 1.20.2-CM9) y funcionó al sustituirlo por el Busybox de Stericson (instalé su versión 1.20.2)
Lo que no sé es cómo conseguir que las opciones de Recover para Reparar me salgan activas. ¿Lo considerarán como un Qualcomm, por su estructura de ficheros, aunque sea un Broadcom?