Para entender la diferencia entre pasar las aplicaciones a la SD de android y usar S2E, sd2ext...etc hay que entender lo que hace cada uno. S2E y sd2ext...etc básicamente son script que crearan enlaces simbólicos de /data o /data/app o cualquier otro directorio o partición, diciéndole al sistema que en lugar de ir a la memoria nand del teléfono siga el enlace simbólico direccionando a la partición ext creada en la SD para que trabaje desde allí. Estos script se cargan al iniciar el sistema y se concibieron para permitir ampliar el espacio usado por aplicaciones, la cache, la dalvik-cache...etc. La ventaja de estos sistemas reside en que al cargarse en el inicio del sistema no hay que comprobar si la aplicación se puede usar instalándola en la SD ya que la partición ext es parte del sistema. El unico problema de este sistema puede estar en que la memoria nand es mas rapida que la memoria de una SD por eso se recomienda usar microSD de clase 6 o 10 que permiten tiempos de lectura escritura mas rapidos permitiendo que el rendimiento del sistema no disminuya.
Ahora el método por defecto usado por android permite pasar las aplicaciones instaladas que lo permitan a la SD pero en la misma particion fat32 de almacenamiento. Este sistema tiene una desventaja y es que la partición de almacenamiento en fat 32 se monta después de cargar el sistema y por eso los widget y algunas aplicaciones no funcionaran al pasarlas a la SD ya que el escritorio y sistema se cargan antes de montar la particion fat32.
Si el espacio usado por nuestro smartphone para la particion /data es algo justo como es el caso de nuestra desire es recomendable usar el primer método en cualquiera de sus variantes Darktremor o S2E (aun mas sencillo). Algunos smartphone no necesitan emplear este metodo ya que disponen de suficiente espacio para /data como es el caso del Motorola Defi.
Espero que esto ayude un poco para decidirse por uno u otro método.