Está raro tu problema, esta rom la tengo configurada de tal forma que sólo gira en las aplicaciones y no en el launcher ni la pantalla de inicio, me la paso probando rom y en alguna ocasión no me funcionó girar pantalla y he resuelto con la ruu original rooteada y también con backup de JB que funcionaba correctamente.
Lo que se me ocurre es que la vuelvas a bajar o que verifiques en Ajustes codefirex, Visualización, Configurar rotación, seleccionar los grados.