Pero que es lo que quieres meter la ROM? Si el kernel se instala cuando flasheas el zip de la ROM.
Te bajas la ROM y los Gapps, recovery, FULL WIPE (Data/Factory reset, format system y format data.) Flasheas la ROM, se te reiniciara el recovery al instalarte uno nuevo, vuelves a flashear la ROM para que se te termine de instalar, Reboot into recovery, flasheas las Gapps, wipe dalvik cache y reinicias sistema y funcionando.