Yo tengo una microSD de 8 Gb de clase 6 (en Amazon están tiradas de precio) y tengo una partición sdext3 de 512 Mb en la misma (a parte de la Fat32). Todas las particiones las hice desde recovery porque al intentar crearlas desde diferente siftware en el PC a veces no me la reconocía al meterla en el móvil
Ví que se podía hacer desde el recovery y lo hace todo enseguida. Para mí no merece la pena sacar la tarjeta y pincharla en un lector en el PC.
Las particiones me las reconoce Titanium Backup también además de Link2SD. Tengo enlazadas infinidad de apps a la partición sdext3 incluso Gmail y algunas de sistema que ocupan mucho. No notas diferencia entre tenerla instalada en el sistema y la microSD
Cuando haces un backup total desde recovery te la hace según tienes las particiones tal cual. Osea que si restauras un backup y formateas la microSD y la pinchas, te restaura el móvil tal cual lo tenías, sin problemas