Shazam solo reconoce canciones editadas en discos, no reconoce directos ni remixes, salvo que el directo o el remix estén editados en un disco.
SoundHound usa un algoritmo de comparación mucho más elaborado, basandose en las grabaciones que hacen los usuarios en su página web, por eso es capaz de reconocer directos e incluso que le cantes directamente tu. Pero su base de datos es muchísimo más pequeña.
Shazam lo uso para reconocer canciones que suenan en la radio o en algún local, su nivel de permisibidad de ruido es increible, un local con un montón de ruido de fondo reconoce la canción perfectamente. SoundHound no lo he probado en esas condiciones.
SoundHound lo uso para cuando tengo alguna canción en la cabeza y no me acuerdo del nombre, se la tarareo y me la reconoce.
Y en cuanto a la limitación del Shazam Encore, yo lo tengo sin limitación y no lo he pagado.