El problema de titanium backup (yo lo uso para todo), es que hay APPS a las que no les sienta bien, por ejemplo Whatsapp. Muchos usuarios reportan que no les entran los mensajes de whatsapp hasta que lo abren, y por lo visto es por restaurar con titanium. Si haces instalación limpia y recuperar mensajes de la copia ya no pasa (esto según el desarrollador de la ROM)