Diferencia de funcionamiento... gps solo busca posicionamiento de satelite, tarda algo si hace mucho que no lo utilizas. A-gps, obtiene los datos de posicion de la antena de telefonia a la que esta conectado tu movil, es prácticamente instantáneo pero claro, tiene su punto negativo y es que la precision es muy mala ya que el radio es muy amplio (yo en mi magic lo he visto de hasta 1800 m.).
Si tienes una tarifa plana como la de vodafone, no te cobran ningun extra. A mi al menos en los 3 meses que llevo no me han cobrado a parte por ello.