efectivamente al hacer el backup por recovery hay un archivo comprimido que se llama ext3 y hace referencia a partición de la microSD. Es decir el backup te lo hace de toda la memoria interna y ROM + la partición ext3 que tengas en la microSD con los datos y aplicaciones enlazados. De la microSD evidentemente no te hace backup pero al ser FAT32 te la haces tú mismo en el PC
Osea que para hacer un backup total es hacerlo por el recovery y copia de la microSD en el PC