Hola!
Al final lo resolvi.
El problema parece que estaba en los drivers del Galaxy S3 que o no eran los correctos o no se instalaron bien.
Me instale el Toolkit para el S3 e instale los drivers que vienen ahi. El MTP driver me daba fallo al conectar el telefono, pero actualizando al WMP11 se soluciono.
Arranque Odin v1.85, finalmente me decidi por hacer el root antes que instalar la ROM, y ya tengo rooteado el bicho. Ahora creo que la ROM la instalare desde Odin Mobile por si las moscas ... no me fio un pelo de este PC, jejeje.
Gracias a todos por las ayudas!