No es necesario tener la carpeta "media" dentro de system, yo en mi caso tengo una carpeta llamada "media" dentro del directorio sdcard (osea vamos que la carpeta media esta tal cual creada en la SD sin mas)
\sdcard\media\audio\ringtones\ (los tonos que quieras que aparezcan para usar como tono de llamada)
\sdcard\media\audio\notifications\ (los tonos que quieras que aparezcan para usar como tono de notificacion)