Quizas haya algo corrupto como me pasó a mi.
Haz lo que te dije...
Busca en google y baja el "Update_Service_Setup-2.9.5.16.exe"
Al abrirlo por primera vez se te actualizará a la ultima versión.
Al acabar y abrirlo ya bien, selecciona el XperiaS en el listado. Empezará a descargar el ICS de nuevo y lo aplica forzado reemplazando todo "pero sin hacer wipes". No borra nada personal. Cuando acabe lo tendrás instalado BIEN. Y tras ello intenta todo el proceso de rootearlo de nuevo.
Seguramente te funcione.
Aún así, no es por reñir, pero si formulas la pregunta en el hilo de rootear el 4.0.4 quizás te puedan dar mejores explicaciones o soluciones que yo.