Bueno pues me respondo de nuevo.
La solución al inicio de android con el mensaje "optimizando aplicación" y que se entretiene un rato hasta que podemos tener el aparato operativo y con la rom Xtreme 2.5.4, en mi caso se ha solucionado desinstalando el SuperSu e instalando en su lugar el Kingouser.
De momento lo he reiniciado varias veces y no he vuelto a ver el dichoso mensajito.
Un saludo