Pues depende del uso que le vayas a dar, si quieres meter datos de más de 4 gb o incluso grabar (si pudiera) más de 4 gb de video formateala con el sistema de archivos NTFS, si crees que por dato vas a necesitar menos de 4gb, formateala a FAT32.
Vamos, que si tienes tarjetas de memoria de menos de 4gb formateala en formato FAT32, si tienes t.memoria o pen de más de 4 gb, formateala con ntfs por si acaso fueras a gestionar datos de más de 4 gb. La cosa esque al hacer el formato (FAT32 o NTFS) éste te quita espacio para gestionar su propio sistema de archivos y NTFS te quita más espacio que FAT32 ya que puede gestionar archivos más grandes, y en una tarjeta de memoria de menos de 4 gb, poner el sistema NTFS te quita más espacio que FAT32 que en el fondo no lo vas a utilizar.
Saludos!