Los dos son exactamente el mismo teléfono salvo por ligeras diferencias:
El desire S tiene pantalla algo más pequeña pero de mejor calidad. Este monta una SLCD de sony mientras que el desire HD monta una LCD normal de sharp.
El desire HD tiene cámara de 8 megapixels con doble flash led y el desire S monta una de 5 megapixels con 1 flash led.
El desire S tiene batería más grande, lo que sumado a una pantalla algo más pequeña te da mayor duración de batería.
El desire S no tiene pinta de dar tantos problemas con las tapitas de plástico.
En el resto de cosas son prácticamente idénticos. Mismo procesador, misma cantidad de ram, mismo procesador gráfico...
Yo me quedaría con el desire S si tuviese que elegir entre estos dos, más que nada por la duración de la batería y por la pantalla algo mejor.