voy a resumirlo mucho mucho:
S-On: en este estado el movil es totalmente seguro, ninguna modificación interna puede hacerse
S-Off: en este estado las funciones más internas del movil son modificables, como el arranque (HBOOT) o el menú de recuperación (RECOVERY)
root: es el usuario administrador del sistema, necesitarás tener acceso root para muchas cosas, entre ellas realizar capturas de pantalla, modificar la frecuencia de trabajo de la CPU...
Por eso, para tener control total del móvil ha de estar en s-off y root.
La parte negativa es que al quitar el S-On pierdes la garantía y existe un riesgo de que te cargues totalmente el teléfono (BRICK) si no haces las cosas correctamente.