Como dice Yamcha, las carpetas lost.dir son para recuperar archivos corruptos.
Para arreglarlo, lo mejor es que formateeis la tarjeta SD, y que siempre la desconecteis de forma segura, desde el movil, no desconectarlo nunca si está en modo usb; antes de desconectarlo ponerlo en modo sólo carga, y expulsando tambien el disco desde windows.
Así es casi imposible que aparezcan problemas y esa carpeta estará siempre vacía /como debe ser)